مجتبی حسیني خامنهيي په ایران کې د واک په هرم کې یو له خورا پټو او مرموزو څېرو شمېرل کېږي.
د خپل پلار برعکس، مجتبی په عامه ژوند کې خپل ځای په لویه کچه محدود ساتلی، نه یې کومه حکومتي دنده لرلې، نه یې په ډاګیز ډول ویناوې کړې او نه یې هم له رسنیو سره مرکې کړې دي، یوازې لږ عکسونه او ویډیوګانې یې خپرې شوې دي.
سره له دې، له کلونو راهیسې د نظام په دننه کې د هغه د اغېز د کچې په اړه اوازې وې، ځکه هغه له خپل پلار سره د اړیکو یو له مهمو لارو و.
د هغه د ځای ناستیتوب خبره جنجالي ده، ځکه د اسلامي جمهوریت ایډیالوژي پر دې ولاړه ده چې د ستر مذهبي مشر ټاکنه باید د مذهبي مقام او سیاسي مشرۍ له مخې وي، نه د کورني میراث له درکه.
د اسوشیټیډ پریس خبري اژانس په وینا، د امریکا ډیپلوماټیکو اسنادو چې د ۲۰۰۰مې لسیزې په پای کې د ویکي لیکس له لارې افشا شول، مجتبی د "مذهبي چپنې تر شا پټ ځواک" بللی او ویلي یې دي چې د نظام ډېر غړي هغه ته د یو "کاري او هوډمن مشر" په سترګه ګوري.
مجتبی حسیني خامنهيي د ۱۹۶۹ کال د سپټمبر پر ۸مه په مشهد کې زیږېدلی او د اسلامي جمهوریت د ستر روحاني مشر علي خامنهيي دویم زوی او د هغه له شپږو بچیانو یو دی.
مجتبی په داسې مذهبي او سیاسي چاپېریال کې لوی شوی چې د ۱۹۷۹ کال له انقلاب او د پاچاهۍ له پرځېدا وروسته رامنځته شوی و. هغه په ایران کې د یوې پیژندل شوې مذهبي کورنۍ غړی دی، د روحاني مصطفی خامنهيي ورور او د هادي خامنهيي نږدې خپلوان دی. په محافظه کاره بهیر کې له مشهورو شخصیتونو سره کورنۍ اړیکې لري، ځکه هغه د ایران د پارلمان د پخواني مشر او محافظه کاره سیاستوال غلام علي حداد عادل له لور، زهرا حداد سره واده کړی دی.
هغه خپلې ثانوي زده کړې په تهران کې په علوي مذهبي مدرسه کې کړې دي. په ۱۹۹۹ کال کې هغه قم ښار ته لاړ چې په علمیه حوزه کې خپلو دیني زده کړو ته دوام ورکړي. هغه په دغه پړاو کې مذهبي جامې واغوستې، او په ۳۰ کلنۍ کې یې د حوزې زده کړې پیلول د مذهبي علومو د نورو زده کوونکو په پرتله چې په ماشومتوب کې یې پیلوي، ناوخته ګڼل کېږي.