Depois do fim da guerra na Bósnia, começa a crescer a tensão entre os kosovares de origem albanesa e os sérvios na província de Kosovo. Em janeiro de 1998, ocorrem confrontos entre as forças sérvias e os guerrilheiros do Exército de Libertação de Kosovo (ELK). A União Européia e os Estados Unidos condenam a repressão aos kosovares de origem albanesa (que formam cerca de 90% da população).

Em maio, quando a guerrilha já controla cerca de 40% do país, Milosevic concorda em negociar com os kosovares, mas as conversas não vão longe. No ano seguinte, Estados Unidos e União Européia forçam os dois lados a retomar negociações sobre o futuro da província. A Iugoslávia rejeita uma proposta de autonomia para a província seguida pelo envio de uma força de paz internacional.

Com o impasse, a Otan decide atacar a Iugoslávia - sem consultar a ONU ou qualquer outro organismo internacional. Durante 78 dias, a Sérvia, Montenegro e Kosovo são bombardeados sem parar. Centenas de pessoas morrem e mais de um milhão fogem para a Albânia e Macedônia.

Milosevic decide retirar suas tropas da província, mas não admite a derrota. Uma força de paz é enviada para a província de Kosovo, que passa a ser administrada de fato pela ONU.

Apesar da destruição de boa parte da infra-estrutura do país, Milosevic tenta mudar a sua imagem e aparecer para a população como o líder que vai reconstruir a Sérvia.